笔者原则上同意第二种意见，即在计算权利人损失数额时，应当把研发成本考虑在内，我们知道，商业秘密具有经济实用性，经济价值不仅包括研发成本，还应包括其具有经济实用性而增值的部分，这部分一般表现为转让价值高于研发成本的部分，以及用其可以获取利润等，但这增值的部分较难计算，这里不做论述。只对成本在损失中如何计入谈一点观点，笔者认为，商业秘密受到侵犯时其价值必然会有或少或多乃至全部的丧失。而作为商业秘密价值的基本组成部分的研发成本应当计入权利人损失的数额。但商业秘密是一种信息，而不是一种自然的物品，侵权人无法用不正当的手段完全占有，在一般的侵权案件中，权利人并未完全丧失对商业秘密的所有权，而是与他人（包括非法获取的人），处于一种实际共有的状态。因此，把商业秘密的研发成本完全计入权利人损失的数额是不科学的，从司法的角度讲，对侵权人也是不公正的，而是应当根据商业秘密被侵犯的程度，也就是秘密泄露的范围、使用者的多少等情况来确定损失的大小。如果非法获取者是一方并由其自己使用，实际上商业秘密是原来的权利人独有变成权利人和侵权人双方共有，对权利人来说其商业秘密的价值降低了一半，故只应将研发成本的一半计入损失，如果侵权后有两方和权利人共有商业秘密时，则应按研发成本的三分之二来计算损失，依次类推，如果掌握或者使用商业秘密的人员（或单位）已很多，即商业秘密已被公开，则其价值对权利人来说已非常低或完全丧失，则应研发成本完全计入损失的数额。当然以上只是一个计算的原则，具体操作时还应当考虑使用时间的多少及使用的程度等因素，综合考虑，以尽量准确的确定损失数额，但考虑到商业秘密价值的物质性，精确的计算损失的数额是不现实的，也是没有必要的。

本案中被告人窃取澳纳斯公司的商业秘密并使用，但未予扩散，实际上是由澳纳斯公司与被告人共同拥有该商业秘密，虽由司法机关较为及时的制止了被告人的侵权行为，但秘密已被被告人掌握并使用了，故应将研发成本的一半左右计入损失数额，而法院没有计入，是不适当的。

4、如何计算权利人因商业秘密被侵犯而使其市场份额的减少及相应的利润的减少

权利人的商业秘密被侵犯，其最为明显最为直接的一个损失是其产品的市场份额减少，份额的减少对权利人来说，是其对商业秘密被侵犯后最担心出现的后果。而市场份额的减少则必然导致其利润的减少。市场是一个复杂的系统，而影响权利人市场份额的原因很多，因此，要准确的估算出权利人市场份额的减少，是较困难的。但是，如果侵权人（或者其他通过侵权人而获得商业秘密的人）使用了非法获取的商业秘密，则较为容易计算权利人的损失。如在本案中被告人已利用澳纳斯公司的技术生产了100余吨产品并已全部销售。那么如何计算澳纳斯公司的利润损失呢，笔者认为应当以澳纳斯公司在正常的销售价格（或平均销售价格）下的利润来计算。需要指出的的是，应当是以侵犯人生产的产品全部数量而不应当仅是销售的数量来计算（因为东泰公司使用的部分，亦属澳纳斯公司的市场份额）。有一种观点认为，应当已侵权人将产品卖出后所获利润等同于权利人的利润损失来计算权利人的损失。笔者认为不妥，其一，侵权人很有可能在利用非法获取的商业秘密生产出产品投入市场时的初期，为了尽快打开市场并进一步占有更大市场，其卖出的价格可能低于正常的价格，甚至零利润、负利润销售。其二，常常有侵权人全部自用或部分自用其生产的该产品。